Ik heb nog wat onderzoek gedaan naar bug 3: dit is volgens mij géén bug in Minecraft.
Ik heb onderstaande test-setup gemaakt:

Aan de linkerkant een cobble-block, met eronder een piston en een lever. Daarnaast een cobble-block, eronder een piston, een lever en aan de andere kant een wireless receiver. Eronder staat een lever gekoppeld aan een wireless transmitter.
Wanneer ik de lever aan de linkerkant omgooi expand de piston meteen. Wanneer ik de transmitter in het midden op 1 gooi gaat de bijbehorende lever weliswaar omlaag, maar extend de piston niet. Aan de rechterzijde heb ik dezelfde setup geplaatst, maar dan met een redstone lamp onder de lever. Deze situatie werkt wél naar behoren.
Aangezien de linker-setup (volledig vanilla) wel werkt en de twee ernaast niet (met Craftbook) denk ik dat ik hier wederom een fout in Craftbook te pakken heb. :(